มะกรูดเป็นพืชผักชนิดยืนต้นขนาดเล็ก มีหนามตามลำต้น ลักษณะโดยทั่วไปจะเป็นพุ่ม ถ้าลอกเปลือกลำต้นออกจะได้เป็นแผ่นเหนียวและกลิ่นหอมเฉพาะ ใบจะออกมามีสีเขียวอ่อนถึงเขียวเข้ม พร้อมด้วยกลิ่นหอม มักมีใบเล็ก ๆ ขนาด 10 เซนติเมตร เมื่อออกดอกจะออกมาเป็นสีขาว และเมื่อกลายเป็นผลก็จะมีผลกลมแต่ผิวขรุขระ เนื้อในฉ่ำน้ำ มีรสเปรี้ยว มีต่อมน้ำมันให้กลิ่นหอม
