โครงการครอบครัวทดแทน หนึ่งในพันธกิจที่สำคัญ ซึ่งมูลนิธิศูนย์พิทักษ์สิทธิเด็กกำลังดำเนินการอยู่ในขณะนี้ คือ การสรรหาบุคคลหรือครอบครัวทดแทนให้กับเด็ก ๆ ที่อยู่ในความดูแลของมูลนิธิฯ ที่ครอบครัวผู้ให้กำเนิดขาดความพร้อมในการดูแลเด็กและอาจสร้างอันตรายให้กับ เด็กได้ ?ครอบครัวทดแทน? จะเป็นผู้คอยดูแลให้ความรัก ความอบอุ่น และการดูแลเอาใจใส่ เพื่อให้ชีวิตของเด็กๆ ได้มีความสุขและยืนหยัดอยู่ในสังคมต่อไปอีกครั้งหนึ่ง
